Lidzbark Warmiński położony jest w północno - zachodniej części województwa warmińsko - mazurskiego w dolinie rzek Łyny i Symsarny. W sieci osadniczej województwa miasto położone jest 48 km na północ od Olsztyna i 23 km na południe od Bartoszyc, przy drodze krajowej nr 51 o przebiegu południkowym, w kierunku drogowego przejścia granicznego w Bezledach przy granicy z Obwodem Kaliningradzkim (Rosja). Ponadto przez miasto przebiega droga nr 513 biegnąca z leżącego na wschodzie Bisztynka do Pasłęka przez Ornetę w kierunku zachodnim.
Wyjątkowość Lidzbarka Warmińskiego objawia się jego położeniem na krawędzi trzech mezoregionów: Niziny Sępopolskiej, Pojezierza Olsztyńskiego i Wzniesień Górowskich. Na obszarze samego miasta zaznaczają się wyraźnie następujące jednostki geomorfologiczne:

• Wysoczyzna morenowa pagórkowata rozciągająca się w południowej i wschodniej części miasta, położona na wysokości 80 - 130 m n.p.m.

• Wysoczyzna morenowa płaska położona w północnej części miasta, charakterystyczna dla krajobrazu Niziny Sępopolskiej. Powierzchnia jej zawiera się na wysokościach rzędu 80 - 90 m n.p.m.

• Poziomy wodno - lodowcowe o szerokości 0,5 - 1 km, w których osi położona jest dolina Łyny. Rozdzielają one obszar wysoczyzny. Obszar ten jest prawie płaski, nachylony w kierunku doliny Łyny.

• Dolina Łyny to teren najniżej położony na obszarze miasta. Powyżej miasta znajduje się na poziomie około 60 m n.p.m., a w rejonie Koniewa - na wysokościach w granicach 50 - 55 m n.p.m. Deniwelacje terenu w rejonie miasta przekraczają 70 m.

Warunki przyrodnicze w Lidzbarku Warmińskim determinowane są klimatycznie przez wpływ Morza Bałtyckiego. Objawia się to dużą liczbą dni pochmurnych z zachmurzeniem warstwowym, szczególnie jesienią i zimą. Występują tu stosunkowo duże roczne sumy opadów rzędu 620 mm. Lato jest dość późne, chłodne (średnia temperatura lipca 17 stopni ) i krótkie (około 70 dni). Zima natomiast jest długa (około 105 dni) i mroźna (średnia temperatura stycznia - 3,5 stopnia). Średnia liczba dni z szatą średnią wynosi około 88.