W XV wieku na skutek dwóch pożarów (1442, 1497) kaplica zamkowa uległa tak poważnemu zniszczeniu, że przesklepiono ją ponownie, ale już sklepieniem wielogwiaździstym.

W 1673 roku kaplica uzyskała połączenie z "pałacem Wydżgi" w obrębie wnęki okna znajdującego się obok głównego ołtarza. Znajdowała się tam loża biskupia.

Nowy wystrój kaplicy ufundował biskup Michał Radziejowski (1679 - 1689); do dzisiaj zachował się marmurowy portal drzwiowy i być może część chóru muzycznego.

W latach 1749 - 1755, za czasów biskupa Adama Stanisława Grabowskiego (1741 - 1766), przekształcono kaplicę w stylu rokokowym. Organy zakupiono w 1760 r. W XIX wieku generalni przebudowano oryginalny zespół ich brzmienia, wprowadzając w to miejsce nowe rejestry oparte na dyspozycji romantycznej. W roku 1945, podczas działań wojennych, kaplica uległa znacznej dewastacji, a szczególnie organy. Zaginęły również obrazy z ołtarzy.

Dziś możemy podziwiać konsole z wapienia (sprzed 1372 r.), schody kręcone umieszczone w murze, oddzielającym kaplicę od sali sądowej oraz trójprzęsłowe sklepienie gwiaździste z XV wieku. Konsole są niewidoczne, ponieważ ukryto je pod rokokową boazerią i w chórze muzycznym. Cztery z nich umieszczone w narożach sali, opatrzone w skrzydła i banderole są symbolami ewangelistów: Marka, Łukasza, Jana i Mateusza. Zachowany do dzisiaj rokokowy wystrój kaplicy zamkowej zalicza się do największych przedsięwzięć artystycznych biskupa Grabowskiego, a freski na ścianach do najlepszych prac malarskich reprezentujących ten styl na terenie Warmii.

Fundację biskupa Grabowskiego upamiętniają tablice z herbami umieszczone w środkowej części sklepienia. W wystroju kaplicy należy podkreślić jednolitość koncepcji. Wszystkie elementy (architektura, rzeźba, malarstwo) zostały w pewien sposób zintegrowane przez stosowanie w nich tych samych motywów: główek putt, ornamentu małżowinowo - chrząstkowego, rocailli, liści akantu.

Prawie całą ścianę wschodnią zajmuje ołtarz główny. Glorię stanowiło niegdyś okno gotyckie z witrażem przedstawiającym Madonnę z dzieciątkiem oraz baranka (obecnie puste) w dekoracyjnym obramowaniu obłoków, promieni i główek putt. Na nastawie ołtarza, zakończonej wielouskokowym łamanym gzymsem, na jej krańcach, umieszczone są figury alegoryczne Wiary i Nadziei. Środkową część ołtarza wypełnia obraz Józefa Korzeniewskiego "Jerzy przed sądem pogańskim" z pierwszej połowy XVIII wieku. Na mensie ołtarzowej stoją tabernakulum i cztery lichtarze. Po obydwu stronach antepedium znajdują się insygnia - kardynalskie ( z lewej) i biskupie (z prawej).

Ołtarze boczne są wolno stające. Zdobią je po bokach figury alegoryczne w ślimacznicach: Męstwo i Miłość na lewym, Wiara i Nadzieja na prawym.

Ołtarzowi głównemu odpowiada na przeciwległej ścianie chór muzyczny i organy. Pod chórem od XVIII wieku znajdowała się zakrystia. Balustrada chóru jest barokowa i najprawdopodobniej pochodzi z czasów biskupa Radziejowskiego. Jest linii falistej i lekko wybrzuszona w partii środkowej. Podzielona jest lizenami na 10 pól, które wypełnia ażurowy ornament  roślinno - kwiatowy.  Organy, będące nieodłączną częścią rokokowego wystroju kaplicy, zbudował w 1760 roku nieznany z nazwiska organmistrz. Jest to instrument pozytywowy o trakturze mechanicznej, jednej klawiaturze manuału, bez pedału i ośmiu rejestrach. W czasie gry konieczny jest udział dwóch osób - grającego i pompujacego nożnie powietrze kalikancisty. Strukturę założonego na planie owalu prospektu organowego tworzą trzy wieże piszczałkowe: dwie krawężne większe i środkowa mniejsza. Oddzielone są od siebie płaszczyznami piszczałkowymi. Główny akcent dekoracyjny spoczywa na glorii z hebrajskim napisem "Jahwe", pośrodku wieńczącej całość obudowy, oraz na przylegających do obu krawędzi ażurowych uszakach.

Bardzo cennym elementem wystroju są malowidła ścienne, wykonane w 1755 roku prawdopodobnie przez nadwornego malarza biskupów Grabowskego i Krasickiego, Józefa Korzeniowskiego, w podłuczach ścian kaplicy. Freski przedstawiają sześć scen ze Starego Testamentu: Trzej aniołowie u Abrahama, Ofiara Abrahama, Spotkanie Eliezara z Rebeką, Drabina Jakubowa, Sen Józefa jako rządca egipski.

Z rokokowego wyposażenia kaplicy zachowała się ambona, dekorowana na krawędziach symbolami ewangelistów, relikwiarz św. Benedykta z czarnego marmuru (na ścianie północnej), a także marmurowa posadzka.

Powyżej drzwi, w supraporcie, umieszczono płaskorzeźbę przedstawiającą insygnia biskupie na poduszcze: krzyż, pastorał, paliusz, infułę i mszał.

Wejście do kaplicy ozdobione jest marmurowym portalem fundacji kardynała Michała Radziejowskiego. Powyżej umieszczono jego kartusz herbowy, pośrodku którego znajduje się pięciopolowa tarcza z herbem rodowym Junosza; nad nią korona książęca, a wyżej kapelusz kardynalski. Całość umieszczona na pofałdowanej tkaninie, którą trzyma w dziobie siedzący powyżej orzeł z rozpostartymi skrzydłami,